تخضع المناطق الحرة في كافة أحكامها الي قانون الاستثمار رقم 72 لسنة 2017 ولائحته التنفيذية وما جاء في أحكامه من تعديلات بموجب القانون رقم 160 لسنة 2023 . حيث تضمن أجازة إقامة مشروعات تصنيع البترول وصناعات الأسمدة والحديد والصلب وتصنيع وتسييل الغاز الطبيعي بنظام المناطق الحرة بشرط موافقة المجلس الأعلى للطاقة . كما حظر الترخيص بإقامة مشروعات الخمور والمواد الكحولية والأسلحة والذخائر والمتفجرات وغيرها مما يرتبط بالأمن القومي المصري .

وتختلف المناطق الحرة العامة عن الخاصة في تحديد الأولى بمناطق مسورة على مستوى الجمهورية تبلغ سبع مناطق على مستوى الجمهورية تقام بها المشروعات الصناعية والخدمية والتخزينية التي تستفيد من مزايا المنطقة . بينما تكون المناطق الحرة الخاصة متعلقة بمشروع واحد تتطلب طبيعته تواجده بموقع جغرافي محدد .

بينما تكون المناطق الحرة الخاصة متعلقة بمشروع واحد تتطلب طبيعته تواجده بموقع جغرافي محدد . وتعفى مشروعات المناطق الحرة من ضريبة الدخل وكذا ضريبة القيمة المضافة على الأنشطة المرخص بها كما تعفى من الرسوم الجمركية والضريبية .

وتسدد الشركات بالمناطق الحرة العامة رسوم تبلغ 1% في مشروعات التجميع والتصنيع من قيمة السلع عند خروجها أو من قيمة العمليات الصناعية والتكميلية التي أجريت على البضائع في حالات التصنيع لحساب الغير كما ترتفع النسبة إلى 2% في حالات مشروعات التخزين.

هذا وتبلغ الرسوم الخاصة بخدمات الهيئة نصف في الألف من قيمة رأس المال المصدر للشركة في حالة المشروعات الصناعية والتجميعية وترتفع النسبة الي واحد في الألف حالة المشروعات التخزينية والخدمية وبحد أقصى مائة ألف جنيه ويكون السداد بالعملة الحرة وفقا لقرار الوزير المختص .